МПРЗГРТ
1.Етър ВТ (Велико Търново)29179350:2560
2.Септември (София)29178452:2459
3.Витоша (Бистрица, обл.София ст.)29148735:2250
4.Созопол (Созопол)29138835:2347
5.Поморие (Поморие)291451036:3147
6.Царско село 2015 (София)291361049:3645
7.Локомотив 1929 (София)29128943:3344
8.Лудогорец 1945 II (Разград)291251235:3141
9.Несебър (Несебър)291161237:4539
10.Ботев (Враца)29911939:3638
11.Ботев (Гълъбово)29971326:3634
12.Оборище (Панагюрище)29971328:3934
13.ЦСКА II (София)29961443:4733
14.Спартак (Плевен)29961442:4833
15.Банско (Банско)29671625:5125
16.Левски (Карлово)29412423:7113
Бележки
  - На 5 юли 2016 г. ИК на БФС утвърждава разформироването на "А" ФГ, "Б" ФГ и "В" АФГ. На тяхно място се създават Първа професионална лига, Втора професионална лига и Трета лига. Новата Втора лига е в състав от 16 отбора. За участие в нея подават заявки 16 отбора и всички те са одобрени.
  - На 19 юни 2016 г. Етър Велико Търново (Велико Търново) е преименуван на Етър ВТ.
  - Левски (Карлово) играе домакинските си мачове на ст."Крепост" в Хисаря, тъй като стадионът в Карлово не отговаря на изискванията за лиценз за Втора лига.
  - След като в началото на февруари 2016 г. собственикът на Септември (София) придобива и Пирин 2002 (Разлог), в началото на юни 2016 г. двата клуба се обединяват, с което на практика Пирин 2002 е закрит.
  - В края на декември 2015 г. Царско село (София) придобива София 2010 (София) и двата клуба на практика се обединяват в Царско село 2015 (София). Промяната в името на клуба влиза в сила с началото на този сезон.
  - От XXIV кръг Лудогорец 1945 II (Разград) играе домакинските си мачове на комплекс "Гнездо на орли" в Разград.