МПРЗГРТ
1.Етър ВТ (Велико Търново)301710352:2761
2.Септември (София)30178552:2659
3.Витоша (Бистрица, обл.София ст.)30158737:2353
4.Созопол (Созопол)30148838:2550
5.Царско село 2015 (София)301461054:3948
6.Локомотив 1929 (София)30138947:3447
7.Поморие (Поморие)301451136:3247
8.Лудогорец 1945 II (Разград)301351239:3344
9.Несебър (Несебър)301171239:4740
10.Ботев (Враца)309111042:4138
11.Оборище (Панагюрище)301071330:3937
12.Ботев (Гълъбово)30971428:3934
13.ЦСКА II (София)30961544:4933
14.Спартак (Плевен)30961544:5233
15.Банско (Банско)30671726:5525
16.Левски (Карлово)30512424:7116
Бележки
  - На 5 юли 2016 г. ИК на БФС утвърждава разформироването на "А" ФГ, "Б" ФГ и "В" АФГ. На тяхно място се създават Първа професионална лига, Втора професионална лига и Трета лига. Новата Втора лига е в състав от 16 отбора. За участие в нея подават заявки 16 отбора и всички те са одобрени.
  - На 19 юни 2016 г. Етър Велико Търново (Велико Търново) е преименуван на Етър ВТ.
  - Левски (Карлово) играе домакинските си мачове на ст."Крепост" в Хисаря, тъй като стадионът в Карлово не отговаря на изискванията за лиценз за Втора лига.
  - След като в началото на февруари 2016 г. собственикът на Септември (София) придобива и Пирин 2002 (Разлог), в началото на юни 2016 г. двата клуба се обединяват, с което на практика Пирин 2002 е закрит.
  - В края на декември 2015 г. Царско село (София) придобива София 2010 (София) и двата клуба на практика се обединяват в Царско село 2015 (София). Промяната в името на клуба влиза в сила с началото на този сезон.
  - От XXIV кръг Лудогорец 1945 II (Разград) играе домакинските си мачове на комплекс "Гнездо на орли" в Разград.