МПРЗГРТ
1.Загорец (Нова Загора)34266277:1384
2.Марица (Пловдив)34260895:2578
3.Карнобат (Карнобат)34234779:3573
4.Розова долина (Казанлък)342041069:3864
5.Атлетик (Куклен)341581158:4453
6.Борислав 2009 (Първомай)341481260:4850
7.Евроколеж (Пловдив)341441664:6546
8.Ураган (Бояджик)341361555:6645
9.Асеновец 2005 (Асеновград)341351650:5644
10.Димитровград 1947 (Димитровград)341271535:3943
11.Верея II (Стара Загора)341251766:7641
12.Гигант (Съединение)341251751:7141
13.Свиленград 1921 (Свиленград)341181541:5241
14.Раковски 2011 (Раковски)341171652:8140
15.Миньор (Раднево)341161739:5839
16.Арда (Кърджали)341161749:6939
17.Любимец (Любимец)34961938:7933
18.Елхово (Елхово)34432727:9015
Бележки
  - На 5 юли 2016 г. ИК на БФС утвърждава разформироването на "А" ФГ, "Б" ФГ и "В" АФГ. На тяхно място се създават Първа професионална лига, Втора професионална лига и Трета лига. За участие в Югоизточна Трета лига подават заявки 17 от 18-те отбора, осигурили си място в Югоизточна "В" АФГ в края на миналия сезон, а Левски (Карлово) е приет във Втора лига. За попълване на така освободеното място са организирани баражи между трите отбора, отпаднали в квалификациите за попълване на групата през юни месец.
  - На 11 август 2016 г. Спартак-С 94 (Пловдив) се отказва от участие. За попълване на освободеното място в групата е насочен още един бараж, този път между двата победени на допълнителния бараж през юли отбори. Победителят от този бараж влиза в групата с програмата на Спартак-С 94.
  - Верея II (Стара Загора) играе домакинските си мачове на ст."Трейс арена" в кв.Кольо Ганчев, Стара Загора.
  - Димитровград 1947 (Димитровград) играе домакинските си мачове на ст."Миньор" в Димитровград.
  - Евроколеж (Пловдив) играе домакинските си мачове на спортния комплекс на Европейски колеж по икономика и управление (ЕКИУ) в Оризари.
  - Марица (Пловдив) играе домакинските си мачове на ст."Марица" в Пловдив.
  - Раковски 2011 (Раковски) играе домакинските си мачове на ст."Франц Коков" в кв.Генерал Николаево, Раковски.
  - Розова долина (Казанлък) играе домакинските си мачове на ст."Севтополис" в Казанлък.
  - Спартак-С 94 (Пловдив) играе домакинските си мачове на ст."Тодор Диев" в Пловдив.
  - Ураган (Бояджик) играе домакинските си мачове в Кабиле.
  - Арда (Кърджали) играе домакинските си мачове в Перперек.