МПРЗГРТ
1.Загорец (Нова Загора)33256273:1381
2.Марица (Пловдив)33250891:2475
3.Карнобат (Карнобат)33233777:3372
4.Розова долина (Казанлък)33204967:3564
5.Атлетик (Куклен)331571156:4252
6.Борислав 2009 (Първомай)331481159:4450
7.Евроколеж (Пловдив)331441561:6046
8.Ураган (Бояджик)331361454:5945
9.Асеновец 2005 (Асеновград)331251647:5641
10.Свиленград 1921 (Свиленград)331181441:4941
11.Раковски 2011 (Раковски)331171552:7740
12.Димитровград 1947 (Димитровград)331171532:3940
13.Верея II (Стара Загора)331151761:7338
14.Гигант (Съединение)331151749:7038
15.Миньор (Раднево)331061736:5636
16.Арда (Кърджали)331061742:6836
17.Любимец (Любимец)33961838:7633
18.Елхово (Елхово)33432626:8815
Бележки
  - На 5 юли 2016 г. ИК на БФС утвърждава разформироването на "А" ФГ, "Б" ФГ и "В" АФГ. На тяхно място се създават Първа професионална лига, Втора професионална лига и Трета лига. За участие в Югоизточна Трета лига подават заявки 17 от 18-те отбора, осигурили си място в Югоизточна "В" АФГ в края на миналия сезон, а Левски (Карлово) е приет във Втора лига. За попълване на така освободеното място са организирани баражи между трите отбора, отпаднали в квалификациите за попълване на групата през юни месец.
  - На 11 август 2016 г. Спартак-С 94 (Пловдив) се отказва от участие. За попълване на освободеното място в групата е насочен още един бараж, този път между двата победени на допълнителния бараж през юли отбори. Победителят от този бараж влиза в групата с програмата на Спартак-С 94.
  - Верея II (Стара Загора) играе домакинските си мачове на ст."Трейс арена" в кв.Кольо Ганчев, Стара Загора.
  - Димитровград 1947 (Димитровград) играе домакинските си мачове на ст."Миньор" в Димитровград.
  - Евроколеж (Пловдив) играе домакинските си мачове на спортния комплекс на Европейски колеж по икономика и управление (ЕКИУ) в Оризари.
  - Марица (Пловдив) играе домакинските си мачове на ст."Марица" в Пловдив.
  - Раковски 2011 (Раковски) играе домакинските си мачове на ст."Франц Коков" в кв.Генерал Николаево, Раковски.
  - Розова долина (Казанлък) играе домакинските си мачове на ст."Севтополис" в Казанлък.
  - Спартак-С 94 (Пловдив) играе домакинските си мачове на ст."Тодор Диев" в Пловдив.
  - Ураган (Бояджик) играе домакинските си мачове в Кабиле.
  - Арда (Кърджали) играе домакинските си мачове в Перперек.