МПРЗГРТ
1.Марица (Пловдив)22170567:1451
2.Загорец (Нова Загора)22156137:1151
3.Карнобат (Карнобат)22152554:2547
4.Розова долина (Казанлък)22151650:2346
5.Атлетик (Куклен)22115637:2638
6.Борислав 2009 (Първомай)22105744:2935
7.Евроколеж (Пловдив)2294940:3731
8.Свиленград 1921 (Свиленград)2285931:3629
9.Раковски 2011 (Раковски)22841039:5128
10.Ураган (Бояджик)22841026:4128
11.Димитровград 1947 (Димитровград)2276922:2727
12.Верея II (Стара Загора)22831141:5127
13.Асеновец 2005 (Асеновград)22831130:3427
14.Гигант (Съединение)22831142:4527
15.Арда (Кърджали)22551226:4820
16.Миньор (Раднево)22541315:4419
17.Любимец (Любимец)22451326:5417
18.Елхово (Елхово)22411723:5413
Бележки
  - На 5 юли 2016 г. ИК на БФС утвърждава разформироването на "А" ФГ, "Б" ФГ и "В" АФГ. На тяхно място се създават Първа професионална лига, Втора професионална лига и Трета лига. За участие в Югоизточна Трета лига подават заявки 17 от 18-те отбора, осигурили си място в Югоизточна "В" АФГ в края на миналия сезон, а Левски (Карлово) е приет във Втора лига. За попълване на така освободеното място са организирани баражи между трите отбора, отпаднали в квалификациите за попълване на групата през юни месец.
  - На 11 август 2016 г. Спартак-С 94 (Пловдив) се отказва от участие. За попълване на освободеното място в групата е насочен още един бараж, този път между двата победени на допълнителния бараж през юли отбори. Победителят от този бараж влиза в групата с програмата на Спартак-С 94.
  - Верея II (Стара Загора) играе домакинските си мачове на ст."Трейс арена" в кв.Кольо Ганчев, Стара Загора.
  - Димитровград 1947 (Димитровград) играе домакинските си мачове на ст."Миньор" в Димитровград.
  - Евроколеж (Пловдив) играе домакинските си мачове на спортния комплекс на Европейски колеж по икономика и управление (ЕКИУ) в Оризари.
  - Марица (Пловдив) играе домакинските си мачове на ст."Марица" в Пловдив.
  - Раковски 2011 (Раковски) играе домакинските си мачове на ст."Франц Коков" в кв.Генерал Николаево, Раковски.
  - Розова долина (Казанлък) играе домакинските си мачове на ст."Севтополис" в Казанлък.
  - Спартак-С 94 (Пловдив) играе домакинските си мачове на ст."Тодор Диев" в Пловдив.
  - Ураган (Бояджик) играе домакинските си мачове в Кабиле.
  - Арда (Кърджали) играе домакинските си мачове в Перперек.