МПРЗГРТ
1.Загорец (Нова Загора)28216156:1269
2.Марица (Пловдив)28210776:1763
3.Карнобат (Карнобат)28192767:3059
4.Розова долина (Казанлък)28191859:3058
5.Борислав 2009 (Първомай)281351053:3644
6.Атлетик (Куклен)281351043:3644
7.Ураган (Бояджик)281251147:4541
8.Свиленград 1921 (Свиленград)281161138:4339
9.Евроколеж (Пловдив)281141348:5137
10.Раковски 2011 (Раковски)281061249:6936
11.Димитровград 1947 (Димитровград)28971228:3334
12.Гигант (Съединение)28951445:5732
13.Асеновец 2005 (Асеновград)28941535:4831
14.Арда (Кърджали)28861435:5830
15.Любимец (Любимец)28851535:6229
16.Верея II (Стара Загора)28851546:6329
17.Миньор (Раднево)28751627:5326
18.Елхово (Елхово)28432126:7015
Бележки
  - На 5 юли 2016 г. ИК на БФС утвърждава разформироването на "А" ФГ, "Б" ФГ и "В" АФГ. На тяхно място се създават Първа професионална лига, Втора професионална лига и Трета лига. За участие в Югоизточна Трета лига подават заявки 17 от 18-те отбора, осигурили си място в Югоизточна "В" АФГ в края на миналия сезон, а Левски (Карлово) е приет във Втора лига. За попълване на така освободеното място са организирани баражи между трите отбора, отпаднали в квалификациите за попълване на групата през юни месец.
  - На 11 август 2016 г. Спартак-С 94 (Пловдив) се отказва от участие. За попълване на освободеното място в групата е насочен още един бараж, този път между двата победени на допълнителния бараж през юли отбори. Победителят от този бараж влиза в групата с програмата на Спартак-С 94.
  - Верея II (Стара Загора) играе домакинските си мачове на ст."Трейс арена" в кв.Кольо Ганчев, Стара Загора.
  - Димитровград 1947 (Димитровград) играе домакинските си мачове на ст."Миньор" в Димитровград.
  - Евроколеж (Пловдив) играе домакинските си мачове на спортния комплекс на Европейски колеж по икономика и управление (ЕКИУ) в Оризари.
  - Марица (Пловдив) играе домакинските си мачове на ст."Марица" в Пловдив.
  - Раковски 2011 (Раковски) играе домакинските си мачове на ст."Франц Коков" в кв.Генерал Николаево, Раковски.
  - Розова долина (Казанлък) играе домакинските си мачове на ст."Севтополис" в Казанлък.
  - Спартак-С 94 (Пловдив) играе домакинските си мачове на ст."Тодор Диев" в Пловдив.
  - Ураган (Бояджик) играе домакинските си мачове в Кабиле.
  - Арда (Кърджали) играе домакинските си мачове в Перперек.