Бележки
  - На 12 юни 2020 г. Черноморец (Балчик), 14-ти във Втора лига през изминалия сезон; се отказва от участие. Клубът се включва в Североизточна Трета лига.
  - Суворово 1 (Суворово), 2-ри през изминалия сезон; се отказва от участие.
  - Непосредствено преди началото на сезона Светкавица 2020 (Поройно), 10-ти в ОГ Силистра - изток през изминалия сезон; се обединява с Доростол Силистра (Силистра). Обединението обаче така и не е завършено легално или отразено нито в Търговския регистър, нито в регистъра на ММС до края на сезона.
  - На 4 август 2020 г., четири дни преди началото на сезона във Втора лига и Елитна група (U-19), Дунав (Русе) отказва участие на отборите си и в двете групи, след като през същия ден е обявена и смяна на собствеността на клуба. На 5 август 2020 г. мъжкият отбор на клуба е включен в състава на Североизточна Трета лига на почиващата позиция в програмата като първия му мач е отложен. Тъй като при доброволно отказване на мъжки отбор от участие в първенството той трябва да бъде изваден в две нива по-долна група, за да е възможно участието му в Трета лига клубът и БФС постигат споразумение лицензът на Дунав за Втора лига да бъде оттеглен, което позволява включване в следващо по-долно ниво. Това решение, както и каквото и да е съобщение за оттеглянето на Дунав от Втора лига и Елитна група (U-19), обаче така и не е оповестено официално от БФС.
  - На 13 август 2020 г. Бенковски (Бяла) се отказва от участие в Североизточна Трета лига. Отборът се включва в ОГ Русе.
  - На 14 септември 2020 г. Дунав (Русе) се пререгистрира като Дунав от Русе (Русе). Клубът продължава участие в Трета лига с новорегистрираното дружество, въпреки че е приет за член на БФС на 28 април 2021 г., а е вписан в регистъра на ММС на 21 май 2021 г.
  - На 10 февруари 2021 г. Кубрат 2016 (Кубрат) се отказва от по-нататъшно участие. Резултатите му до този момент се зачитат, а на противниците му по програма до края се присъждат служебни победи с 3:0.
  - През април 2019 г. Министерство на младежта и спорта създава регистър за спортните федерации и спортни клубове, развиващи дейност под тяхната егида. Вписването в този регистър е задължително условие за право на участие на всеки един клуб в официални състезания, организирани от съответната спортна федерация. За футболните клубове членове на БФС това изискване влиза в сила с началото на сезон 2020/21 г., а вписването им в регистъра започва през януари 2020 г. Към началото на сезона в групата следните участващи в нея клубове не са вписани в регистъра:
    - Доростол-Светкавица (Силистра),
    - Дунав (Русе) - регистриран на 21 май 2021 г.