Бележки
  - На 14 май 2020 г. Ботев (Гълъбово), 10-ти през изминалия сезон; се отказва от участие.
  - На 15 май 2020 г. ИК на БФС включва Септември (Симитли) на освободеното място в групата като с това и анулира предвидения бараж за 1-во място в Югозападна Трета лига и утвърждава класирането в групата към момента на прекратяването ѝ за крайно.
  - На 12 юни 2020 г. Черноморец (Балчик), 14-ти през изминалия сезон; се отказва от участие.
  - На 25 юни 2020 г. ИК на БФС включва Спортист 2009 (Своге), 3-ти в Югозападна Трета лига на освободеното място в групата на база доклад от експертна комисия, оценила базите и стадионите на отборите кандидати за попълване на групата.
  - На 4 август 2020 г., четири дни преди началото на сезона във Втора лига и Елитна група (U-19), Дунав (Русе) отказва участие на отборите си и в двете групи, след като през същия ден е обявена и смяна на собствеността на клуба. На 5 август 2020 г. мъжкият отбор на клуба е включен в състава на Североизточна Трета лига на почиващата позиция в програмата като първия му мач е отложен. Тъй като при доброволно отказване на мъжки отбор от участие в първенството той трябва да бъде изваден в две нива по-долна група, за да е възможно участието му в Трета лига клубът и БФС постигат споразумение лицензът на Дунав за Втора лига да бъде оттеглен, което позволява включване в следващо по-долно ниво. Това решение, както и каквото и да е съобщение за оттеглянето на Дунав от Втора лига и Елитна група (U-19), обаче така и не е оповестено официално от БФС.
  - На 29 септември 2020 г. Витоша (Бистрица) уведомява БФС, че всички професионални договори на футболисти в клуба са прекратени. СТК на БФС дава срок на клуба до 16:00 ч на 30 септември 2020 г. да регистрира изискуемия минимален брой професионални футболисти. След като това не се случва, случаят е прехвърлен на Лицензионната комисия, която на 9 октомври 2020 г. отнема лиценза на Витоша за участие във Втора лига. В резултат на 13 октомври 2020 г. СТК изважда Витоша от групата. Резултатите му се анулират.
  - На 19 януари 2021 г., вторник, СТК на БФС изважда Кариана (Ерден) от групата след официално заявление за напускане на първенството от страна на клуба. Резултатите му до този момент се зачитат, а на противниците му по програма до края се присъждат служебни победи с 3:0.
  - От 8 април 2021 г. до края на сезона Янтра 2019 (Габрово) играе домакинските си мачове на ст."Ангел Кънчев" в Трявна заради ремонт на ст."Христо Ботев" в Габрово.