МПРЗГРТ
1.Етър ВТ (Велико Търново)25157345:2252
2.Септември (София)25147442:2249
3.Витоша (Бистрица, обл.София ст.)25137533:1846
4.Созопол (Созопол)25126731:1942
5.Поморие (Поморие)25133934:2942
6.Царско село 2015 (София)251231044:3439
7.Несебър (Несебър)25106933:3636
8.Локомотив 1929 (София)2598835:2835
9.Лудогорец 1945 II (Разград)251041130:2734
10.Ботев (Враца)25711732:2932
11.Ботев (Гълъбово)25861122:3130
12.ЦСКА II (София)25861137:3830
13.Оборище (Панагюрище)25851223:3729
14.Спартак (Плевен)25761236:4027
15.Банско (Банско)25461521:4918
16.Левски (Карлово)25412019:5813
Бележки
  - На 5 юли 2016 г. ИК на БФС утвърждава разформироването на "А" ФГ, "Б" ФГ и "В" АФГ. На тяхно място се създават Първа професионална лига, Втора професионална лига и Трета лига. Новата Втора лига е в състав от 16 отбора. За участие в нея подават заявки 16 отбора и всички те са одобрени.
  - На 19 юни 2016 г. Етър Велико Търново (Велико Търново) е преименуван на Етър ВТ.
  - Левски (Карлово) играе домакинските си мачове на ст."Крепост" в Хисаря, тъй като стадионът в Карлово не отговаря на изискванията за лиценз за Втора лига.
  - След като в началото на февруари 2016 г. собственикът на Септември (София) придобива и Пирин 2002 (Разлог), в началото на юни 2016 г. двата клуба се обединяват, с което на практика Пирин 2002 е закрит.
  - В края на декември 2015 г. Царско село (София) придобива София 2010 (София) и двата клуба на практика се обединяват в Царско село 2015 (София). Промяната в името на клуба влиза в сила с началото на този сезон.
  - От XXIV кръг Лудогорец 1945 II (Разград) играе домакинските си мачове на комплекс "Гнездо на орли" в Разград.