МПРЗГРТ
1.Етър ВТ (Велико Търново)21126334:1742
2.Септември (София)21117332:1840
3.Витоша (Бистрица, обл.София ст.)21116429:1639
4.Созопол (Созопол)21106523:1436
5.Поморие (Поморие)21103830:2733
6.Несебър (Несебър)2195729:3132
7.Локомотив 1929 (София)2187629:2131
8.ЦСКА II (София)2184933:3228
9.Царско село 2015 (София)21831031:3227
10.Лудогорец 1945 II (Разград)21831023:2327
11.Ботев (Враца)2169627:2327
12.Ботев (Гълъбово)2176819:2227
13.Оборище (Панагюрище)21741021:3225
14.Спартак Плевен (Плевен)21741033:3325
15.Банско (Банско)21361218:3915
16.Левски (Карлово)21311716:4710
Бележки
  - На 5 юли 2016 г. ИК на БФС утвърждава разформироването на "А" ФГ, "Б" ФГ и "В" АФГ. На тяхно място се създават Първа професионална лига, Втора професионална лига и Трета лига. Новата Втора лига е в състав от 16 отбора. За участие в нея подават заявки 16 отбора и всички те са одобрени.
  - На 19 юни 2016 г. Етър Велико Търново (Велико Търново) е преименуван на Етър ВТ.
  - Левски (Карлово) играе домакинските си мачове на ст."Крепост" в Хисаря, тъй като стадионът в Карлово не отговаря на изискванията за лиценз за Втора лига.
  - След като в началото на февруари 2016 г. собственикът на Септември (София) придобива и Пирин 2002 (Разлог), в началото на юни 2016 г. двата клуба се обединяват, с което на практика Пирин 2002 е закрит.
  - В края на декември 2015 г. Царско село (София) придобива София 2010 (София) и двата клуба на практика се обединяват в Царско село 2015 (София). Промяната в името на клуба влиза в сила с началото на този сезон.